( 2 ) 泥沙淤积和水位问题
由于有三门峡水电站的前车之鉴， 因此泥沙问题始终是三峡工程技术讨论的重中 之重。据测算，长江上游江水每立方米含沙 1.2 千克左右，每年通过坝址的沙量在 5 亿吨以上。在三峡工程未建前，这些泥沙大量淤积在曲折的荆江河段，抬高了河床水 位，并危胁到整个江汉平原和洞庭湖平原的安危。
当三峡水库形成后，受水势变缓和库尾地区回水影响，泥沙必然会在水库内尤其 是大坝和库尾（回水的影响）淤积。不过乐观者认为，长江的含沙量有季节性差异， 7 汛期江水中的含沙比例比枯水期来得大， 因此三峡水电站可以采用“蓄清排浑”的方 法来应对，即在汛期时加大排水量使浑水出库，在枯水季节大量蓄积清水，便可以减 少泥沙在水库内的淤积，这种方式与目前水电站的一般运行方式基本一致，所以不用 过于担心三峡的泥沙淤积问题。他们认为在三峡蓄水的初期，排沙比例只有 30%至 40%，将发生轻度淤积，但主要是填充死库容，影响不大，随着水库运行时间的增长， 排沙比例会逐渐提高，在 80 至 100 年后，将基本达到平衡，不再出现新的淤积，旧 有淤积也可以通过由临时船闸改建的泄沙通道和加强疏浚等方法清理。 那时水库将依 然保持 90%左右的库容，不会对发电、航运以及沿岸城镇尤其是重庆造成大的不良影 响，而且随着长江上游植树造林、水土保持工作的进展，江水的泥沙含量也将缓慢下 降。
但是工程的反对者认为，长江上游河流所携裹的除了泥沙，还有颗粒较大的鹅卵石，在三峡大坝筑起后将极难排出，会造成堵塞，并向上游延伸，进而影 响重庆。此后在 2002 年 10 月，国务院批准由三峡总公司承建长江上游干流金沙江上 的乌东德、白鹤滩、溪洛渡和向家坝等四座巨型水电站，其建设目的之一就是为了分 担三峡库区的泥沙淤积，减缓三峡库区的泥沙淤积速度，这也再度引起某些人们对三 峡泥沙问题的担忧。
与泥沙淤积问题同样极具争议的，还有水位问题。在三峡蓄水至 135 米后，有人 发现从大坝到库尾之间的水位落差多达 34.7 米， 远远超过了工程论证报告认为的 0.4 米，因此担忧重庆可能会在三峡完全蓄水后被淹没。不过三峡验收组副组长潘家铮对 此解释，论证报告中计算的是满蓄水后的情况，而现在的库尾水位其实是天然水位， 它和大坝水位目前存在着巨大落差并不令人意外。 ( 3 ) 对生态环境的影响和争议
三峡工程对环境和生态的影响非常广，其中对库区的影响最直接和显著，对长江 流域也存在重大影响， 甚至还有人认为三峡工程将会使得全球的气候和海洋环境发生 重大变化。
库区人们对三峡工程影响环境的最大担忧来自于水库的污染。 目前三峡两岸城镇 和游客的排放的污水和生活垃圾，都未经处理直接排入长江。在蓄水后，由于水流静 态化，污染物不能及时下泻而蓄积在水库中，因此已经造成了水质恶化和垃圾漂浮， 并可能引发传染病，部分城镇已在其他水源采集生活用水。同时大批移民开垦荒地， 也加剧了水体污染，并产生水土流失的现象。对此，当地政府正在大力兴建污水处理 厂和垃圾填埋场以期解决污染问题，如果发现污染过于严重，也可能会采取大坝增加 下泄流量来实现换水。
三峡水库库容极大，因此必然会增加库区地震的频率。但支持工程的人士认为， 当时论证坝址时，非常重要的一个考虑因素就是地质条件，三-{斗}-坪附近的岩体比 8 较完整，断裂少，历史上也极少发生有感地震，因此不大可能发生破坏剧烈的强震。 三-{斗}-坪的上游地区，地质条件主要是碳酸盐岩，发生地震的可能性较大，但烈度 估计最高也不会超过 6 级，而三峡的主要建筑物都是按照防 7 级地震烈度来设计的。 由于三峡两岸山体下部未来长期处于浸泡之中，因此发生山体滑坡、塌方和泥石流的 频率会有所增加，这将是三峡工程所能造成的主要地质灾害。而工程的反对者们则质 疑论证过程只考虑了地质的静态状况，没有考虑蓄水后可能带来的地质条件质变。
